小鼠骨髓間充質干細胞一般采用長骨解剖和骨髓分離的程序。總體目標是快速、系統地取出長骨，收集骨髓細胞進行進一步的實驗分析。該方法有助于回答有關骨髓生物學、腫瘤轉移和免疫學的關鍵問題。這種技術的主要優點是解剖過程快速且標準化，骨髓分離過程相當無菌。首先，將小鼠殺死并置于仰臥位。

　　然后將小鼠的四個爪墊固定在踝關節下方，用70%乙醇噴灑小鼠并*清洗腿部。接下來，在臀部正上方的下腹部中線右側做一個小切口，將切口向下延伸至腿部并穿過腳踝，拉回皮膚。

　　然后將固定在股骨近端的股四頭肌切開，露出腿骨前部，用銷釘將腿上的肌肉與板成45度角固定。將剪刀壓在股骨后部，從膝關節剪下腘繩肌。然后將固定在股骨近端的皮膚和腘繩肌向后拉，露出骨后部，用固定銷45度角從腿上固定腘繩肌。

　　用鑷子抓住股骨遠端，就在膝關節上方。然后將股骨干兩側的剪刀刀片導向髖關節。到達股骨頭后，扭動剪刀，將頂部刀片直接移動到股骨頭上方，使股骨脫臼。

　　用鑷子抓住股骨干的頂部，從股骨頭上切下軟組織，將股骨從髖臼中取出。然后將包括股骨、膝蓋和脛骨在內的整個腿骨從身體上拉出來，小心地切斷連接腿和皮膚的結締組織和肌肉。腳踝的結締組織被剪刀扭曲脫位后。

　　抓住脛骨遠端，注意不要割傷肌腱，將脛骨向上拉離身體和指甲板。然后去除膝蓋長骨上殘留的任何結締組織以及附著在股骨和脛骨上的任何肌肉或結締組織。抓住股骨，髕骨朝外，股骨頭朝下。

　　過度拉伸膝蓋并扭轉剪刀以使脛骨和股骨脫臼。然后去除連接股骨和脛骨的所有結締組織。接下來，握住股骨，正面朝外，股骨頭向下，然后將剪刀沿股骨干向上引導至髁。

　　輕輕地來回轉動剪刀，去除髁突、髕骨和骨骺，露出干骺端。然后，用鑷子、剪刀和低塵擦拭紙去除附著在股骨上的任何肌肉或結締組織。接下來，抓住脛骨，正面朝外，腳踝端朝下。

　　如果脛骨骨骺完好，將剪刀沿脛骨軸向上引至髁突，輕輕來回轉動剪刀，將髁突和骨骺取出，露出脛骨干骨骺。然后移除附著在脛骨上的任何肌肉或結締組織，如圖所示。要獲得骨髓，首先將一根18號針頭穿過0.5ml微量離心管的底部。

　　然后將長骨放入管中，膝蓋向下，蓋住。將0.5ml微量離心管放入1.5ml微量離心管中，在大于等于10000倍g的微量離心管中離心15秒。目視檢查證實骨髓已從骨頭中分離出來小鼠骨髓間充質干細胞。